En noviembre de 1993 el Congreso del Estado de Sonora reformó la Ley Electoral, creando así al entonces Consejo Estatal Electoral (CEE), con la facultad de ser el órgano ciudadano responsable de organizar los procesos electorales de la entidad.
El Consejo Estatal Electoral, inició oficialmente sus funciones en 10 de enero de 1994, enfrentando el compromiso inmediato de preparar el proceso electoral de ese año, en el que se renovó el Congreso y los entonces 69 ayuntamientos que conformaban Sonora.
El 24 de junio de 1996, se publicó el nuevo Código Electoral, cuyo proceso de consulta pública correspondió al Consejo, celebrando foros en 9 municipios del Estado durante los meses de enero a marzo de ese mismo año. Los siguientes aspectos destacaron en la nueva normatividad:
Se incorporó la figura del regidor étnico en los ayuntamientos de aquellos municipios que son origen y principal asentamiento.
Se establecieron reglas tendientes a atenuar la disparidad de género en la conformación de los cabildos y el Congreso del Estado, regulando en no más de 80% de candidatos de un mismo sexo para planillas y fórmulas.
Apareció la figura del candidato común.
Se obligó a partidos a presentar informes de sus ingresos y egresos.
El 29 de junio de 2005 se publicó en el boletín Oficial del Gobierno del Estado el nuevo Código Electoral para el Estado de Sonora, que derogó al del año de 1996. De entre las nuevas reglas que se realizaron en esta reforma destacan:
Un nuevo esquema de financiamiento público.
Se definieron los conceptos de precampañas y precandidatos.
Se suprimió la representación del Ejecutivo Estatal en el CEE.
Se suprimió la conformación de los consejos distritales, concentrando las funciones de estos en los consejos locales ubicados en cabecera distrital.
Se establecieron los principios de paridad y alternancia de género en la integración de los consejos locales electorales.
Se previó el registro de candidatos independientes, imponiendo requisitos, procedimientos y otorgándoles financiamiento público.
El 22 de mayo de 2008 el H. Congreso del Estado aprobó el decreto que reformó diversas disposiciones del Código Electoral para el Estado de Sonora, con el objetivo de adecuar la legislación electoral local a la reforma constitucional. A continuación se presentan los principales aspecto de la reforma:
El Instituto Federal Electoral es la única autoridad responsable de la administración del tiempo en radio y televisión.
Durante las campañas electorales quedó prohibida la difusión en los medios de comunicación social, de toda propaganda gubernamental.
Se estableció como obligatorio que los partidos políticos destinaran, anualmente, cuando menos el 3% del financiamiento público ordinario, para la capacitación, promoción y el desarrollo del liderazgo político de las mujeres.
Se retomó la figura del Consejo Distrital como órgano encargado de la preparación, organización, desarrollo, vigilancia y calificación de la elección de diputados por el principio de mayoría relativa.
El 2 de julio de 2011 entró en vigor la Ley de Participación Ciudadana del Estado de Sonora, la cual tiene por objeto institucionalizar, regular y garantizar el derecho de la ciudadanía a participar directamente en la toma y ejecución de las decisiones públicas fundamentales, así como en la resolución de problemas de interés general. En esta Ley se establece que los instrumentos de participación ciudadana que le corresponde organizar al órgano electoral son el plebiscito y referéndum.
El 10 de febrero de 2014 fue publicada en el Diario Oficial de la Federación el decreto por el que se reformaron, adicionaron y derogaron diversas disposiciones de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, en materia política-electoral. El órgano electoral sonorense se transformó de Consejo a Instituto Estatal Electoral y de Participación Ciudadana, luego de la publicación el 19 de junio de 2014 en el Boletín Oficial de la Ley número 173 que reformó, derogó y adicionó diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado de Sonora.
A partir de esta reforma, todos los consejos generales de los institutos locales del país se integran por seis consejeros y un Consejero Presidente. Su designación y remoción está a cargo del Consejo General del nuevo Instituto Nacional Electoral, antes IFE.
El 15 de mayo de 2017 se publica en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado la Ley 187 que reforma los artículos 30 y 131 de la Constitución Política del Estado de Sonora, en el que se establece la reelección para diputaciones Los diputados podrán ser electos hasta por cuatro periodos consecutivos, sin que la suma de dichos periodos exceda de doce años y presidentes municipales, síndicos y regidores de los ayuntamientos, electos popularmente podrán ser reelectos para un periodo adicional para el mismo cargo, sin que la suma de dichos periodos exceda de seis años, a partir de las elecciones que tendrán lugar el primer domingo de julio de 2018.
El 25 de mayo de 2017 Se publica en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado la Reforma el decreto que reforma la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales para el Estado de Sonora, en la que se reglamentan conceptos de candidaturas comunes para elección de gobernador, diputados de mayoría y planillas de ayuntamientos, partidos políticos y coaliciones garantizarán la igualdad entre los géneros en la postulación de fórmulas y planillas de candidatos/as a los cargos de elección popular para la integración del Poder Legislativo y ayuntamientos, violencia política por razón de género en contra de la mujer, procedimientos sancionadores ordinarios y procedimientos sancionadores orales. También se establecen plazos más cortos de campaña para aspirantes a diputaciones y presidencias municipales, así como la eliminación de propaganda electoral en la vía pública.
El 01 de octubre de 2017, en sesión extraordinaria del Consejo General del IEE Sonora, la consejera presidenta, Guadalupe Taddei Zavala, tomó protesta a la Consejera y los consejeros electorales designados en el acuerdo INE CG 431/2017 del Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE) por un período de 7 años, Claudia Alejandra Ruiz Reséndez, Daniel Rodarte Ramírez y Francisco Arturo Kitazawa Tostado.
El 23 de enero de 2020, en sesión extraordinaria de Consejo General del IEE Sonora la Consejera Presidenta, Guadalupe Taddei Zavala, tomó protesta a la Mtra. Ana Cecilia Grijalva Moreno como Consejera Electoral, designada en el acuerdo INE/CG16/2020 del Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE)
El Congreso del Estado armonizó la legislación en materia de paridad total y violencia política contra las mujeres en razón de género en sesión pública celebrada el 28 de mayo. El Decreto 120 que incluye estas reformas se publicaron en la edición del 29 de Mayo de 2020 del Boletín Oficial del Gobierno del Estado, en la que se reformaron y adicionaron diversas disposiciones de la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales para el Estado de Sonora (LIPEES).
Designado en el acuerdo INE/CG/194/2020 del Consejo General del INE el 24 de agosto de 2020, rindió protesta como Consejero Electoral del IEE Sonora, el Mtro. Benjamín Hernández Avalos.
El 30 de septiembre de 2020, las Maestras, Alma Lorena Alonso Valdivia y Linda Viridiana Calderón Montaño fueron designadas como Consejeras Electorales del IEE Sonora, por el Consejo General del Instituto Nacional Electoral en el acuerdo INE/CG/293/2020
La Consejera Presidenta del IEE Sonora Guadalupe Taddei Zavala, entregó al Consejo General un informe del trabajo realizado durante su gestión que inició el 01 de octubre de 2014 y concluyó este día.
El Consejero Benjamín Hernández Avalos fue designado como Consejero Presidente Provisional del IEE Sonora, en tanto el Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE) lleva a cabo el nombramiento de la Presidencia y hasta la fecha de la toma de protesta.
El 27 de octubre de 2021, el Maestro Nery Ruiz Arvizu rindió protesta como Consejero Presidente del IEE Sonora designado por unanimidad por el Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE) por un período de siete años, en el acuerdo INE/CG1616/2021.
Ruiz Arvizu participó en la convocatoria pública emitida por el INE que en sus diferentes etapas incluyó examen de conocimientos, ensayo, valoración curricular y entrevista. El nuevo Consejero Presidente del IEE Sonora, concluirá su gestión el 26 de octubre de 2028, la toma de protesta se realizó de manera presencial. Hasta antes de su nombramiento el Consejero Presidente Nery Ruiz Arvizu, se desempeñaba como Secretario Ejecutivo de este Instituto.